Hogwarts School of Prayer and Miracles kể lại Harry Potter với thân phận là một đứa trẻ mồ côi người Mỹ được nuôi dưỡng bởi người dì Petunia theo chủ nghĩa vô thần, thích theo đuổi sự nghiệp và dượng Vernon Dursley hiền lành. Harry được cải đạo sang Cơ đốc giáo khi Hagrid, một nhà truyền giáo Tin lành, đến gõ cửa nhà Dursley và kêu gọi theo đạo. Cậu sau đó theo học tại Trường học Cầu nguyện và Phép lạ Hogwarts, học cách sử dụng lời cầu nguyện như những câu thần chú từ Hiệu trưởng Albus Dumbledore, đồng thời gặp vợ của Dumbledore là Minerva và con gái Hermione. Câu chuyện cũng xen kẽ với các bài học đạo đức và cách giải thích của tác giả về một số câu Kinh thánh. Các học sinh tại Hogwarts được chia thành bốn "Mũ" dựa trên các giáo phái Cơ đốc giáo trong thế giới thực. Trong chương cuối cùng, toàn bộ câu chuyện đã được tiết lộ là một sự châm biếm. Hầu hết các nhân vật chính được khắc họa lên như một bức tranh biếm họa về những người quá sùng đạo, và Chúa tể Voldemort là một người lý trí, bị rơi vào tình thế bối rối vì tưởng rằng những nhân vật khác đã tham gia vào trò đùa trong suốt thời gian qua.